總后勤部授予的《圍巾廠家會計核算管理辦法》規定，全力推動醫院成本計算體制改革，改進醫院會計運作體系，提高醫院會計運作高效率。圍巾廠家財務核算學科、工作流程的轉變必然危害醫院財務會計信息系統每個構成因素，為考慮醫院財務部對財務會計信息系統內部控制的特別要求，對財務核算內部控制總體目標、控制層級、控制步驟、控制對策開展整理和討論變成財務核算改革創新全過程中極其重要的基本性階段。

圍巾廠家財務會計信息系統內部控制總體目標，應依據醫院診療、科學研究、課堂教學等主題活動的特性和管理方法規定開展提煉出，實際包含下列三個層面：一是合理合法總體目標，嚴苛貫徹落實國家、部隊有關法律法規。二是可信性總體目標，內部控制規章制度科學規范、財務會計信息真正靠譜、財產安全性詳細、診療業務流程主題活動井然有序運作。三是高效率性總體目標，財務會計信息立即有效、經濟收益平穩提升、管理方法主題活動高效率。

系統軟件宏觀經濟控制醫院明確提出系統軟件運作總體目標，從宏觀經濟視角指出網絡空間下醫院財務會計信息系統內部控制的戰略方針、現行政策和基本要素。

系統軟件觀行控制醫院財務部承擔貫徹落實醫院相關財務會計信息系統的內部控制戰略方針、現行政策和標準，并對平時財務會計信息系統運作開展統籌管理?？刂葡到y設計控制醫院信息維護保養單位依據醫院具體情況沒計系統軟件整體方案，對程序運行的詳盡沒計和文本文檔編制管理開展控制。

軟件開發控制醫院信息維護保養單位對實際運用程序實施控制，對財務會計信息系統計算機語言的最開始品質開展嚴格把關。數據庫管理控制醫院財務部對財務報表和軟件系統檔案文件開展統一控制，確保財務會計信息真正靠譜，避免徇私舞弊個人行為產生。平時運用控制醫院信息維護保養單位對應用系統、電子計算機工作流程和硬件配置設備維護管理等控制，圍巾廠家另外還必須系統對實際操作工作人員開展監管，避免出現濫用權力實際操作。